建湖县陆生维管植物包含蕨类植物3科3属3种、裸子植物5科8属13种、被子植物85科295属。哺乳动物7目9科17种；鸟类133种，隶属16目45科79属。爬行动物2目7科12种。两栖动物5种。陆生昆虫：蝶类21种，其他陆生昆虫8目73种。淡水水生生物：鱼类37种，隶属5目10科28属；底栖动物3门8属37种；浮游植物8门66属119种；浮游动物4门75种；水生维管植物蕨类2科2属2种、被子植物28科47属59种。